目前，煤炭企業在煤制油技術研發、示范項目建設等方面已有成功范例，但由于煤制油項目需要一系列氣化、凈化、費托合成等特殊的工藝和流程，決定了煤制油項目制造成本比石油基柴油和石腦油相對高一些。按照國家稅務總局執行的消費稅標準，對煤制油執行的消費稅為柴油每升0.8元。如果以百萬噸級測算，僅消費稅就高達10億元之多。
南非大力扶持煤制油行業發展，Sasol公司在不同時期均享受了國家財政補貼及稅收上的優惠政策。在政府投資上，Sasol公司一廠的全部建設資金由政府入股投資，二廠、三廠政府貸款占80%，在企業進行借貸融資和股票融資時，政府提供了擔保等。
當前，我國煤制油正處于產業化的初期階段，建議國家對煤基合成油品減免燃油消費稅。同時，參照財政部、國家稅務總局《關于資源綜合利用及其它產品增值稅政策的通知》，將煤制油企業生產的高標準特種環保油品納入資源綜合利用項目范圍，對銷售自產的高標準特種環保油品實行增值稅先征后退或即征即退政策。